南京中医药大学档案馆是全国最早成立的中医院校档案馆之一。其前身为学校综合档案室，2006年3月升格为副处级机构，并更名档案馆，挂靠校长办公室。现为江苏省一级档案馆，曾先后被评为省级机关档案工作先进集体、省高校档案工作先进集体，连续五年被评为省级机关（单位）档案工作年检优秀单位，2015年经江苏省档案局测评，档案工作达到《江苏省机关团体企业事业单位档案工作规范》四星级标准。  
   档案馆是永久保管学校档案的基地，也是编纂、研发和利用档案资源的中心，对全校档案工作统筹规划、宏观指导并业务管辖。校长亲自兼任档案工作委员会主任，并将委员会办公室设在档案馆；三级工作网络覆盖到全校各部门、院系。大力宣传档案工作，增强全校师生员工的法制意识，建立了完备的规章制度。做到档案经费独立预算、专款专用。由8名专职人员、45名兼职人员组成的档案工作队伍，定期开展业务培训和自查互评，形成了高素质的团队。 

   档案馆建筑总面积2000m2左右，其中专用库房面积1000m2左右。馆内设施齐全，配有密集架200列、计算机14台及服务器3台，拥有复印机、刻录机、数码相机、扫描仪、摄像机、高速扫描仪、录音机等各类设备，并安装了恒温恒湿系统和监控报警系统。全馆数字化程度较高，2011年启动“数字档案馆”建设规划，2012年启动纸质文书档案、学籍档案、基建图纸档案、声像档案等数字化扫描工作并全部挂接档案管理系统对外提供利用，2013年更换了由轩恩软件有限公司开发的档案管理系统，构建了目录级数据库、全文数据库、声像档案数据库等，并于2019年与学校OA系统对接实现上级来文和学校发文的自动接收归档。2013年度完成档案信息网站的更换升级，规范推行非涉密档案公开，为校内外更好的开发利用档案资源提供了数字化平台。2017年完成了档案管理系统的版本升级。2018年配备了本科生中英文成绩自助打印系统，2020年配备了本科生毕业、学位证书翻译系统，实现的本科生中英成绩单和文证书的自助打印。  

   2004年10月，为迎接五十华诞，学校成立了校史展览馆，挂靠档案馆。校史展览馆是在深层挖掘历史档案精华的基础上，用档案印证学校的历史传承。向世人展现了南京中医药大学五十多年的奋斗历程和学校各方面的成就。发挥着对我校师生进行爱校教育及对外文化交流的特殊职能。藏有图片、证书、奖状等约350件，分别来自全校教职工的捐赠、部分退休老教师和已故老同志家属的捐赠以及学校档案馆的旧藏。其中收集到的我校第一任校长承淡安、叶橘泉、由崑的任命通知书，和承淡安、叶橘泉二人的中国科学院学部委员证书，具有较高的历史价值。

   档案馆现存南京中医药大学创始以来各个时期的档案6万余卷，纸质照片档案1万余张，电子照片1685GB，并馆藏实物珍品1千余件，以及反映中医办学史料及各种图书资料，是我国近现代中医教育特别是新中国高等中医教育历程的缩影。依托档案馆建设、管理并运行的校史展览馆，68年办学成果展系统反映了南京中医药大学作为中国高等中医药教育摇篮、确立并面向海内外推广现代高等中医药教育模式的历史全貌，是全校档案工作的凝练和升华。  

   我校档案馆曾自主研制的《文书档案微机管理系统》获国家档案局科技进步四等奖（1987年），参与撰写的《档案主题标引实例集》获全国档案学优秀成果三等奖（1997年）和江苏省档案优秀成果二等奖（1995年），组织编撰的《南京中医药大学50年大事记》获江苏省档案编研优秀成果一等奖（2005年）, 《南京中医药大学2006年年鉴》获江苏省档案编研优秀奖，组织编写了《南京中医药大学大事记》（60年）、《南京中医药大学教授名录》和《在南中医的日子里》向我校六十周年校庆献礼（2014）。学校档案馆馆藏的“《中药大辞典》原稿”，2023年1月成功入选第五批中国档案文献遗产名录，这也是江苏高校首次入选中国档案文献遗产名录的项目。

   档案馆坚持以“学习、服务、贡献、创新”为工作理念，立足学校、面向江苏、放眼海内外，紧跟高等中医药教育的发展方向，充分发挥档案的信息传递、文化沉淀和教育传播功能，将在全面贯彻落实学校“十四五”发展规划目标的过程中，提供更加优质的档案信息服务，取得更加优异的工作成绩。