南京中医药大学档案馆是全国最早成立的中医院校档案馆之一。其前身为学校综合档案室，2006年3月升格为副处级机构，并更名档案馆，挂靠校长办公室。现为江苏省一级档案馆，曾先后被评为省级机关档案工作先进集体、省高校档案工作先进集体，连续五年被评为省级机关（单位）档案工作年检优秀单位，2015年经江苏省档案局测评，档案工作达到《江苏省机关团体企业事业单位档案工作规范》四星级标准。2021年、2023年连续两次荣获江苏省学历认证协查工作先进集体称号。

   档案馆是永久保管学校档案的基地，也是编纂、研发和利用档案资源的中心，对全校档案工作统筹规划、宏观指导并业务管辖。校长亲自兼任档案工作委员会主任，并将委员会办公室设在档案馆；三级工作网络覆盖到全校各部门、院系。大力宣传档案工作，增强全校师生员工的法制意识，建立了完备的规章制度。做到档案经费独立预算、专款专用。由8名专职人员、57名兼职人员组成的档案工作队伍，定期开展业务培训，形成了高素质的团队。 

   档案馆建筑总面积1250平方米左右，其中专用库房面积570平方米左右。馆内设施齐全，配有密集架200列、计算机14台及服务器3台，拥有复印机、刻录机、数码相机、扫描仪、摄像机、高速扫描仪、录音机等各类设备，并安装了恒温恒湿系统和监控报警系统。全馆数字化程度较高，2011年启动“数字档案馆”建设规划，2012年启动纸质文书档案、学籍档案、基建图纸档案、声像档案等数字化扫描工作并全部挂接档案管理系统对外提供利用，2013年更换了由轩恩软件有限公司开发的档案管理系统，构建了目录级数据库、全文数据库、声像档案数据库等，并于2019年与学校OA系统对接实现上级来文和学校发文的自动接收归档。2013年度完成档案信息网站的更换升级，规范推行非涉密档案公开，为校内外更好的开发利用档案资源提供了数字化平台。2017年完成了档案管理系统的版本升级。2018年配备了本科生中英文成绩自助打印系统，2020年开发了本科生毕业、学位证书翻译系统，实现的本科生中英成绩单和文证书的自助打印。2021年完成档案馆网站升级改版，迁入学校网站群系统，保证数据安全，更加便捷的服务广大师生。  

   2004年10月，为迎接五十华诞，学校成立了校史展览馆，挂靠档案馆，馆舍面积为280平方米。现校史馆已迁至仙林校区自信楼（江苏省中医药博物馆）三楼，于2024年9月30日正式开馆，馆舍面积1050平方米。校史馆是在深层挖掘历史档案精华的基础上，用档案印证学校的历史传承。向世人展现了南京中医药大学自1954年建校至今七十年的奋斗历程和学校各方面的成就。发挥着对我校师生进行爱校教育及对外文化交流的特殊职能。展馆分为蕴育之基、厚植之路、教泽绵长三大展区，通过图文介绍、实物展示、场景还原、多媒体互动等形式，展出老照片1000余张，实物档案近400件，全面展现了学校艰苦创业、改革发展、跨越发展一直到如今创新发展各个时期的奋斗征程和辉煌成就。其中展出的我校第一任校长承淡安、叶橘泉、由崑的任命通知书，和承淡安、叶橘泉二人的中国科学院学部委员证书，具有较高的历史价值。

   档案馆现存南京中医药大学创始以来各个时期的档案6万余卷，纸质照片档案1万余张，电子照片1875GB，并馆藏实物珍品1千余件，以及反映中医办学史料及各种图书资料，是我国近现代中医教育特别是新中国高等中医教育历程的缩影。依托档案馆建设、管理并运行的校史展览馆，系统反映了南京中医药大学作为中国高等中医药教育摇篮、确立并面向海内外推广现代高等中医药教育模式的历史全貌，是全校档案工作的凝练和升华。  

   我校档案馆曾自主研制的《文书档案微机管理系统》获国家档案局科技进步四等奖（1987年），参与撰写的《档案主题标引实例集》获全国档案学优秀成果三等奖（1997年）和江苏省档案优秀成果二等奖（1995年），组织编撰的《南京中医药大学50年大事记》获江苏省档案编研优秀成果一等奖（2005年）, 《南京中医药大学2006年年鉴》获江苏省档案编研优秀奖，组织编写了《南京中医药大学大事记》（60年）、《南京中医药大学教授名录》和《在南中医的日子里》向我校六十周年校庆献礼（2014）。学校档案馆馆藏的“《中药大辞典》原稿”，2023年1月成功入选第五批中国档案文献遗产名录，这也是江苏高校首次入选中国档案文献遗产名录的项目。

   档案馆坚持以“学习、服务、贡献、创新”为工作理念，立足学校、面向江苏、放眼海内外，紧跟高等中医药教育的发展方向，充分发挥档案的信息传递、文化沉淀和教育传播功能，将在全面贯彻落实学校“十四五”发展规划目标的过程中，提供更加优质的档案信息服务，取得更加优异的工作成绩。